这是柯南差点完结的瞬间。柯南站在阳台享受宁静的晚风，突然背后一阵寒意袭来，暗夜公爵悄无声息的靠近，带来了一种窒息的压迫感。不等柯南反应，对方果断的把他从阳台推了下去。这一刻生死悬于一线。在坠落的瞬间，柯南心如电转，他怎么也没想到今日死神竟向他伸出了魔爪。
原本博士抽中了伊豆三天两夜的免费旅游住宿，柯南也在海滩享受了一个美好的下午。当大叔回到酒店才发现住宿的费用只付了一半。柯南想起博士的原话：只有参加旅游团举办的一个游戏，找出最终的举办人才能享受这些。举办人会假扮成某个人物在旅行团制造几起意外，而那个人物就是暗夜公爵。
可当大叔自报名侦探的大名时，旅行团的团员皆露出惊恐之色。侦探的直觉暗处里有一双充满杀意的眼睛，已经盯上了几人。回到房间，柯南独自在阳台思考暗夜公爵的身份，背后一个黑影缓缓靠近，转头一看正是暗夜公爵，他毫不犹豫的把柯南推了下去。好在下面是一个泳池。
等到柯南返回房间，暗夜公爵早已消失无踪。此刻柯南也意识到这个旅行团的目的绝对不是举办一场简单的游戏，暗夜公爵一定就隐藏在七人之中。柯南立刻向博士打电话询问暗夜公爵的身份，然而博士对此一无所知，只知道游戏最终获胜的人会得到一种叫做暗夜公爵的病毒软体。
与此同时小兰的出现打断了柯南的电话，两人来到了餐厅，而大叔早早的找到了位置。几人还在讨论暗夜公爵真正身份是谁时，一道亮丽的风景线划过众人的视线。长发姐凭借完美的身材紧紧的抓住了毛利和前田的眼球。但是柯南注意到一向好色的小胡子却对长发姐的美丽视若无睹。
柯南转头看到那个白发老者正独自一人，于是他试探性询问那个电脑病毒。老者告诉柯南那是一个连高级工程师都束手无措的完美程式。正因为这个病毒神出鬼没，所以才被大家起了暗夜公爵的名字。提起这个名字，让老者想起了四年前死去的儿子。
柯南准备离开时，中分哥电话引起了柯南的兴趣，原来那个小胡子是个黑客。柯南紧贴电话想要了解更多，但很快被中分哥发现。柯南尴尬的触摸电脑，不要乱碰礼美。礼美，这是我去年过世母亲的名字，你没有事吧？礼美。
给电脑起名字这种变态行为让柯南感到毛骨悚然，他起身发现小胡子早已离开。出现的小兰拉走了柯南，在回房间的路上看到前田聪正与女友闹矛盾，于是他便邀请小兰到楼顶赏月。小美更加的不爽，还反手锁了门。小兰欣然的接受了邀请，因为前天聪是她的偶像，就是因为看了前天聪的比赛，小兰才决定学习空手道的。
醋坛子柯南却十分不屑，强行分开两人。与此同时，楼下的酒吧大叔陷入了温柔乡里，长发姐不断的靠近大叔，还顺手在酒里放入了几粒小药丸。大叔很快陷入了美人的温柔陷阱里。同一时间，酒店外响起了吃瓜群众的呼喊声。漆黑的大楼，暗夜公爵以自由落体运动冲向地面，精准的降落在地面的铜像上，身体被铜像手中的利刃刺穿。
这么帅的出场当然是用命换的。警察闻讯赶来，柯南趁乱拿掉了暗夜公爵的面具，发现他的身份竟然是好色的小胡子。柯南察觉尸体的手上只带了一只手套，腰带和领带系法极其古怪。警察赶往酒吧寻找毛利协助调查。柯南一个回眸，注意到了人群中的长发姐流下了眼泪。
横沟叫醒了昏睡的毛利，把案件的始末详细的告诉他。毛利瞬间酒醒急匆匆赶往死者住所。由于房间锁上了防盗链条，横沟直接叫来了开锁队。在电锯的轰鸣声中，铁链轻松被锯断，房间里散落着衣服与房卡，阳台的下方正对铜像，栅栏边缘还粘着一只手套。
面对此景，毛利断定这是一起意外事件，他推测是死者换装成暗夜公爵，爬到楼下吓唬参赛者，却不幸失足坠楼。然而柯南却不同意这个推断，这里可是21楼，会有正常人不做任何安全措施。直接跳到楼下吗？话刚出口，柯南就收到了大叔的一拳重击，手上的钢笔意外掉落楼底。柯南来到楼下，始终找不到钢笔。在得知旅行团的举办人坠楼身亡，团员嚷嚷着离开。
眼看几人着急离开，柯南连忙提示，死者的领带结系反了，毛利怀疑那只是他的习惯。但是柯南拿出之前服务生给他的领带，这是死者生前一直系在头上的，这与正常人的系法一样。不仅如此，柯南还发现死者腰上的皮带也是反的。
毛利反应过来，小胡子是被凶手穿上暗夜公爵的衣服，然后从二十一楼推下去的。而那个犯人就在几人之中，毛利立刻就对几人的不在场证明进行查证。几人之中，只有小美的不在场证明最没有说服力。她声称自己一直在房间看《计时引爆摩天大楼》。
小美在电梯里埋怨警察怀疑自己，突然电梯门被打开了，死去的暗夜公爵突然出现在门口，他轻易躲闪过了小兰的三连飞踢，之后竟然莫名的逃走了。柯南大声询问小兰为何不解决掉他，小兰则是呆呆的立在原地。毛利听说后同样质问小兰为何要放过他。
此时一直看守尸体的空手道警察竟被人打晕了，歹徒只是拿走了暗夜公爵的衣服，没动过尸体。在这之后，警察发现了暗夜公爵的衣服被丢在了泳池里。这让柯南十分困惑，暗夜公爵杀人的目的明明已经达成，为何又冒险偷走衣服，暴露行路出现在众人的视野中呢？
为了弥补遗漏之处，警察又重新对几人的不在场证明进行调查。柯南在几个属子来回比对，意外在长发姐房间发现了一板安眠药，可她撒谎称那是感冒药。虽然他与死者是夫妻，但早在三年前就已经离婚了。而且在案发当时，她与毛利待在酒吧。
而此时柯南顺利收集到旅行团各个团员的房间，开始分析。就在这时，鉴识人员发现防盗锁碎片沾上了透明胶带，柯南茅塞顿开，他已经弄懂了反锁门的手法了。另一边的小兰把自己关在了房间里犹豫不决。因为她知道在团员中能够轻易躲开自己攻击的人就只有自己的偶像全国空手道大赛冠军前田聪。她想面对这种情况新一会如何做？新一的做法是倾尽全力到处奔波，直到找到证明他无罪的线索为止。小兰受到启发也开始寻找线索来证明前天聪无罪。
另一边柯南已经知道门外上锁的手法了，只需要把胶带紧贴在垂直的门锁上把门关上，之后在门外用力一拉门便会锁上，最后用力一拔就可以抽出胶带。横沟警官立刻意会凶手就是利用这种方法把小胡子从房间丢了下去，之后借助胶带把房间变成密室，最后从门缝丢入房卡即可。
然而凶手没有料到这个方法竟然会被上面残留的胶带暴露。现在问题在于案发当时六人的不在场证明。案发当时前田聪和小兰柯南在一起，小美独自在房间看柯南剧场版中分哥在房间打电话，至于长发姐则和毛利待在酒吧，酒保告诉了毛利一个真相。
其实长发姐在毛利的杯子里下了安眠药，不过中途她只上厕所离开了五分钟，这点时间没法犯案。至于老者和他的仆人案发当时就在吃瓜群众中，这一点也得到了服务生的证实。现在没有不在场证明的人就只有前田聪和中分哥。
虽然当时几人在楼顶的瞭望台，但是看时间的人是前田，不排除他为了扰乱柯南小兰的时间观念做不在场证明。从小兰那种反应来看前田聪应该就是杀死小胡子的暗夜公爵。就在这时小兰大汗淋漓跑来表示她已经找到证人可以证明前田聪不是凶手。
他在和小兰柯南分开后就碰到了粉丝，应了粉丝的要求签名还备注了时间。当然那个时间是粉丝看手表确认的。这个问题让柯南再次陷入了疑惑之中。既然有这样的证据为何他在接受询问时不说出来？与此同时柯南找到掉落的钢笔，这个位置与尸体的位置相差甚远，为何尸体会掉落在铜像上而钢笔却在这里？难道是因为风向？果然不出所料，服务生告诉柯南，每到这个季节都会吹一股从左向右的公主风。柯南瞬间明白了一切，他假传毛利圣旨，吩咐警员做准备。
随着楼顶传来信号，柯南一根小飞针夺舍毛利，几人不约而同望向了大楼。几个棉被从天而降，它们四处散落。柯南表示，可以把这些棉被看成人掉落的样子，每床棉被都有注明是从哪个房间掉落的。然而横沟发现，死者房间掉落的棉被并没有落在铜像上，反而距离很远。这是因为受到公主风的影响，坠落的人也同样如此。
阳台的手套以及房间的密室布置，都是为了扰乱警方的调查。死者真正坠落的房间，根本不是自己的房间。横沟上前查看棉被，有一床棉被像死者一样，被订在铜像的利刃之上。上面的房间号表明，是从小美的房间掉落的。前田聪站出来，极力袒护小美。小美看出他的良苦用心，但是小美承认行凶，她实在不能忍受杀兄之仇。
三年前，小美哥哥公司研发的软件，被作为黑客的小胡子盗走，心如死灰的哥哥，就在公司的楼顶坠楼身亡了。为了实施这次的杀人计划，还特意用病毒软体暗夜公爵，作为诱饵组织了这次活动。在把自己男友赶出门后，引诱来了小胡子。在酒里下了安眠药之后，便实施了全部计划，杀死了小胡子。
唯一没有料到的就是，毛利小五郎也出现在这次的计划里。为了让毛利早点回去，还把柯南推到了泳池里。小美在被警察带走之际，让男友忘掉自己，但是男友表示，会一直一直等她出来。事后得知，长发姐给毛利下药，是为了从毛利口中找出主办方，然后找到那个软体。而老头子所谓的儿子，也只是被暗夜公爵病毒软体破坏的，那个被叫做女画中生大作战的游戏软体。